肽键与酰胺基的区别与联系主要体现在定义、范围和化学结构上。‌

定义

人教化学选择性必修三教材中，只在以下这段话中大致描述了‌肽键‌：“两个氨基酸分子（可以相同，也可以不同）在一定条件下，通过氨基与羧基间缩合脱去水，形成含有肽键（）的化合物，发生成肽反应”。如果给肽键下一个较为准确的定义，则可以为：肽键是由一分子氨基酸的α-羧基(-COOH)与另一分子氨基酸的α-氨基(-NH₂)脱水缩合形成的酰胺键，具体化学式为-CO-NH-。

人教化学选择性必修三教材中，对‌酰胺基的描述是这样的‌：“酰胺是羧酸分子中羟基被氨基注（注：或取代的氨基(—NRR'，R和R'可以是氢原子或烃基)）取代得到的化合物。其结构一般表示为，其中的叫做酰基，叫做酰胺基”。这个描述似乎仍然不够准确。可以按照如下描述，给酰胺基下个定义：酰胺基是一种官能团，由酰基与氮原子相连形成，具体结构为-CO-NH2、-CO-NHR1或-CO-NR1R2（R1和R2为烃基）。酰胺基包括一级酰胺（-CO-NH2）、二级酰胺（-CO-NHR1）和三级酰胺（-CO-NR1R2）。

范围

从上述给出的定义可以看到，肽键是酰胺键的一种特殊形式，结构类似于二级酰胺（-CO-NHR1）。肽键必须是由氨基酸脱水缩合而来，通常需要至少两个及以上的氨基酸参与形成，主要存在于二肽及多肽中。因此，肽键的范围相对较小，是酰胺键的一个子集。而酰胺基的范围更广泛，包括所有由酰基与氮原子相连形成的化合物，无论是否参与肽键形成。

化学结构

‌肽键‌：肽键中的碳氧双键(C═O)和氮氢单键(N-H)共同形成一个平面结构，连接肽键两端的原子（包括C═O、N-H和另外两个C原子）的空间位置相对接近。这一结构导致肽键中的氧原子与氢原子之间可能形成氢键，氢键的存在会使肽链盘绕或折叠成特定的空间结构，形成蛋白质的二级结构。

‌酰胺基‌：酰胺基中的碳氧双键(C═O)和氮氢单键(N-H)也形成一个平面结构，但其范围更广泛，包括所有由酰基与氮原子相连的化合物。

生物化学中的应用

在生物学科中，打交道更多的当然是肽键，因为肽键是蛋白质分子中的主要共价键，性质稳定，参与多肽链的形成。在化学学科中，肽键提及频率并不高，多数会以酰胺基来描述官能团。