有些化肥应单独施用，不能混合，否则会降低肥效，甚至失效。
　　过磷酸钙不能与草木灰、石灰氮、石灰等碱性肥料混用因过磷酸钙含有游离酸，呈酸性反应，而上述碱性肥料含钙质较多，若二者混合施用，会引起酸碱反应，降低肥效，又会使钙固定磷素，导致“两败俱伤”。磷矿粉、骨粉等难溶性磷肥，也不能与草木灰、石灰氮、石灰等碱性肥料混用，否则会中和土壤内的有机酸类物质，使难溶性磷肥更难溶解，作物无法吸收利用。
　　钙镁磷肥等碱性肥料不能与铵态氨肥混施 因为碱性肥料与铵态氮肥如硫酸铵、碳铵、氯化铵、硝酸铵等混施，会导致和增加氨的挥发损失，降低肥效。
　　人畜粪尿等农家肥不能与钙镁磷肥、草木灰、石灰氮、石灰等碱性肥料混用因为人畜粪尿中的主要成分是氮，若与强碱性肥料混用，则会中和而失效。另外，未腐熟的农家肥不能与硝酸铵混施，因为未腐熟的农家肥要经过分解腐烂后才能被作物吸收利用，若与硝酸铵混施，未腐熟的农家肥在分解过程中氮素会损失，所以不能同施，否则二者氮素都会受损，降低肥效。
　　化肥不能与根瘤菌肥等细菌肥料混施 因为化肥有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，若与细菌肥料混合施用，会杀伤或抑制活菌体，使肥料失效。
　　此外，氨水不能与人粪尿、草木灰、钾氮、磷酸铵、氯化钾、磷矿粉、过磷酸钙、氯化铵、尿素、碳铵混施；碳铵不能与草木灰、人粪尿、钾氮混施；硫酸铵不能与氨水、碳铵、草木灰混施；硝酸铵不能与草木灰、氨水、鲜厩肥混施；氯化铵和过磷酸钙不能与草木灰、钙镁磷肥等混施。